自耦变压器和隔离变压器是变压器的两种不同的形式。其工作原理相同，区别如下：
[运行方式不同]
(1)自耦变压器运行中,输入侧与输出侧，既有电的联系又有磁的联系。公共部分的输出电压是线圈的自身自感产生的感生电压，是利用线圈中在交变磁场而产生的感生电流来实现感生电压的。另一方面由于自耦变压器的原边线圈和副边线圈本身就是一个线圈，工作中输入与输出侧就是直接连在一起的，只是输出电压有了变化而已，所以自耦变压器运行中既存在电的联系又存在磁的联系。在三相四线制的电网中,人体不小心触摸到自耦变压器的任意非中性线输出端都会有触电的危险。
(2)隔离变压器运行中，因为原边线圈和副边线圈不是相通的，而是彼此独立的，因而隔离变压器运行中只磁的联系而没有电的联系。运行中,人体不小心触摸到隔离变压器输出的单个端时，一般是不会触危险存在。这是因为隔离变压器输入与输出不彼此隔离，但互不通，它实际起到了一个隔离的作用，所以隔离变压器还有一个别称—安全变压器。(只能是在一定程度上较自耦变压器对人体安全)
[线圈结构不同]："自耦变压器"是一种圈式变压器，初级和次级共同用一个绕组，也就是共同用一个零线，其变压比有固定的和可调的两种。"隔离变压器"一般是指1：1的变压器。由于次级不和地相连。次级任一根线与地之间没有电位差。使用安全。常用作维修电源。
(3)体积和成本都不同由于自耦变压器不任在铁芯耗材上还是在导线耗材都比隔离变压器少,所以,自耦变压器变压器制造成本比隔离变压器要低,体积和重量都较隔离变压器小,运输也方便.而隔离变压器则是在一些安全等级要求高而对电源波形质量要求高的场合使用。